Semenjak pemikiran Al-Ghazali mendominasi, pemikiran Islam cenderung memisahkan agama dan filsafat, bahkan mempertentangkan keduanya. Ibnu Rusyd menyanggah pemikiran seperti ini dengan menyatakan bahwa agama dan filsafat tak bertentangan, saling mengisi, bahkan agama menganjurkan untuk mempelajari filsafat.

Ayat-ayat al-Qur’an menganjurkan penyelidikan dan perenungan tentang segala objek dengan menggunakan akal yang sejatinya adalah kegiatan filsafat. Kegiatan filsafat sematalah menyelidiki segala maujud dan merenungkannya untuk mengetahui Sang Pencipta. Karena itu, semakin sempurna pengetahuan tentang maujud, semakin sempurna pula pengetahuan tentang Sang Pencipta.

Pembahasan tentang hubungan agama dan filsafat secara epistemologis sebenarnya merujuk pada hubungan wahyu dan akal. Ibnu Rusyd melihat bahwa hubungan wahyu dan akal dalam membahas suatu masalah bersifat saling mengisi, bahkan metode filsafat dapat digunakan untuk memahami wahyu, karena al-Qur’an memuat tiga metode berpikir, yakni retorika, dialektika dan demonstrasi, sebagai konsekuensi logis dari hubungan dialektis al-Qur’an dan masyarakat